국토해양부 및 관련업계에 따르면, 한진해운은 지난 2010년 일시적으로 흑자 전환한 것에 고무돼 향후 시장상황을 낙관적으로 판단, 지난해 대형선사 중 유일하게 톤세제를 신청했다. 하지만, 이러한 한진해운측의 시장전망이 정반대의 결과로 나타남에 따라, 경쟁기업들은 한 푼도 내지 않는 법인세에 해당하는 세금 수십억 원을 납부한 것으로 뒤늦게 확인됐다.

일반적으로 매출액 20억 원 이상인 기업은 영업이익의 22%를 세금으로 납부해야 하지만, 톤세제는 영업이익이 아닌 소유·용선 선박의 연간운항 순톤수에 따라 세금을 부과한다. 따라서 선사들의 경우 이익이 났을 시 톤세제를 적용받게 되면 법인세를 내는 것보다 훨씬 적은 세금을 납부할 수 있게 된다.

다만, 한번 신청하면 당해년도부터 5년 동안 톤세제를 계속 적용받음에 따라 손실이 나도 같은 공식으로 적용받는 단점이 있다. 결과적으로 톤세제는 각 선사가 중·단기 해운시장 전망을 얼마만큼 정확히 예측하느냐에 따라 해당기업에는 독이 될 수도 약이 될 수도 있다.

한 대형로펌 세무전문 변호사는 “법인세는 손실이 나면 해당 손실에 대한 확정세액이 향후 10년간 이월된다”며 “따라서 대규모 적자를 봤을 때 해운기업은 톤세제보다는 법인세를 선택하는게 훨씬 이익”이라고 설명했다.

지난 2005년 톤세제 일몰제 연장적용 후 금융위기의 여파가 커지자 정부는 한시적으로 톤세제를 신청했던 기업들에게 5년이 되지 않았더라도 이를 포기할 수 있는 권한을 준 바 있다. 당시 대형선사들은 2009년도 회계연도부터 톤세제를 포기했으며, 현재까지 한진해운 외에는 신청한 기업이 없다.

한진해운의 경우, 지난 2009년 인적분할을 계기로 대형선사 중 유일하게 지난해 톤세제를 신규로 신청했다. 이 회사는 당시 인적분할을 통해 기존 한진해운이 한진해운홀딩스로 존속하며, 현재의 한진해운은 신설법인이 됐다. 이에 따라, 2009년도 당시 9,425억 원의 영업손실을 기록한 한진해운의 손금처리는 한진해운홀딩스에 연계되고, 한진해운은 제로베이스로 시작한 것이다.

국토부 관계자는 “한진해운은 대형선사 중 유일하게 지난해 톤세제를 신청했다”며 “한진해운을 제외한 나머지 기업들은 적자가 난 부분에 대해 계속 손금처리가 가능해 신청할 필요가 없었지만, 한진해운은 제로베이스에서 시작했기 때문에 톤세제를 적용받는게 세금을 절감할 수 있을 것으로 판단하고 신청한 것으로 보인다”고 말했다.

이 관계자는 이어 “지난해 대형선사들이 대부분 적자를 기록했지만, 톤세제를 신청하지 않아 제로에 가까운 세금을 냈다”며 “하지만 한진해운은 지난해부터 톤세제를 적용받아 50~100억 원 정도의 세금을 낸 것으로 알고 있다”고 설명했다.

한진해운측은 이 같은 내용에 대해 사실관계 확인을 꺼렸다. 한진해운 관계자는 “톤세제를 신청했던 것도 알지 못한다”며 “(세금납부 문제와 관련)잘 모르겠다”고 전했다.